Yazar "Aydemir, Eda" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • [ X ]
    Öğe
    Bazı bitki özütlerinin antibiyotik dirençli klinik izolatlara karşı antibakteriyel aktivitelerinin belirlenmesi
    (Artvin Çoruh Üniversitesi, 2021) Aydemir, Eda; Saral, Ayşegül
    Acinetobacter baumannii aerobik, pleomorfik ve hareketsiz bir Gram negatif basildir. Fırsatçı bir patojen olan A. baumannii özellikle uzun süre (> 90 gün) hastanede yatanlar olmak üzere bağışıklığı baskılanmış kişiler arasında yüksek bir insidansa sahiptir. Organizma, bakteriyemi, zatürree, menenjit, idrar yolu enfeksiyonu ve yara enfeksiyonu dahil olmak üzere enfeksiyonların salgınlarına neden olur. Antimikrobiyal direnç, özellikle izolatlar antimikrobiyal ajanların karbapenem sınıfına dirençliyse, bu organizma ile enfekte olan hastalar için terapötik seçenekleri büyük ölçüde sınırlar. K. pneumoniae, çoğunlukla zayıflamış bağışıklık sistemine sahip kişileri etkileyen ve nozokomiyal enfeksiyonlara neden olma eğiliminde olan fırsatçı bir patojendir. K. pneumoniae izolatları antibiyotiklere giderek daha dirençli hale gelmiştir. Çok ilaca dirençli Acinetobacter ve Klebsiella enfeksiyonları için terapötik seçenekler sınırlı olduğundan, yeni ajanların keşfi önemlidir. Bitkilerin bakteri tarafından ifade edilen direncin üstesinden gelen sinerjik sekonder metabolitleri ürettiği bilinmektedir. Bu nedenle, yeni ajanların keşfi için bitki metabolitlerinin antimikrobiyal etkisi ve antibiyotiklerle kombinasyonlarının sinerjik etkileri çalışılmaktadır. Bu tez çalışmasında, tarçın, kekik, ısırgan otu, beyaz çay ve kuşburnu bitkileri aktardan temin edilerek metanol özütleri hazırlandı. Bitki metanol özütlerinin antibakteriyal aktivitesi Trabzon Fatih Devlet Hastanesi'nden izole edilen antibiyotik dirençli A. baumannii ve K. pneumoniae'ya karşı sıvı mikrodilüsyon metodu ile araştırıldı. Isırgan otunun metanol özütünün denenen konsantrasyon aralığında A. baumannii'ye karşı antibakteriyal aktivitesi gözlenmedi. Kuşburnu, tarçın, kekik, beyaz çay metanol özütlerinin A. baumannii'ye MİK değerleri sırasıyla 0.07825 gr/mol, 0.015125 gr/mol, 0.030625 gr/mol, 0.00796875 gr/mol olarak belirlendi. Kekik, ısırgan otu, beyaz çay ve kuşburnu metanol özütlerinin denenen konsantrasyon aralıklarında K. pneumoniae'ye karşı antibakteriyal aktivitesi gözlenmedi. Tarçın metanol özütünün K. pneumoniae'ye karşı MİK değeri 0.0605 gr/mol olarak bulundu. Antibakteriyal aktivite gösteren bitki metanol özütleri ve antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkisi damatahtası metodu ile araştırıldı. Sonuç olarak, A.baumannii için imipenemin tarçın, beyaz çay ve kuşburnu metanol özütleri ile kombinasyonları aditif/indiferan etki gösterirken imipenemin kekik metanol özütü ile kombinasyonunun antagonistik etki gösterdiği belirlendi. K. pneumoniae için imipenemin tarçın metanol özütü ile kombinasyonunun antagonistik etki gösterdiği gözlendi. Tarçın metanol özütünün imipenem ile kombinasyonu K. pneumoniae için antagonistik etki gösterirken A.baumannii için aditif/indiferan etki gösterdi. Sonuç olarak, bitki özütlerinin antibakteriyal aktivitesi olduğunu, kullanılan bitki metanol özütlerinin imipenem ile sinerjik etki göstermediği bulundu. Antibakteriyel etkisi belirlenen bitkilerde bulunan epigallokateşin 3-gallat, kuersetin, sinnamaldehit, karvakrol ve timol fitobileşiklerinin A. baumannii'de bulunan OXA-23 beta laktamazı için inhibitör adayı olma potansiyelleri in siliko olarak değerlendirildi. OXA-23'ün aktif bölgesine epigallokateşin 3-gallat, kuersetin, sinnamaldehit, karvakrol, timol, imipenem (substrat), avibaktam (inhibitör) moleküler yerleştirme metodu ile yanaştırılmıştır. İnhibitöre (avibaktam) en yakın bağlanma enerjisinin epigallokateşin 3-gallatın sahip olduğu ve bu fitokimyasalın Lys82, Lys216, Arg259, Asp222 rezidüleri ile dört tane hidrojen bağı yaptığı tespit edildi. Aynı zamanda bu fitokimyasalın imipenemin bağlanma enerjisinden (-5.40 kcal/mol) daha yüksek bağlanma enerjisine (-5.82 kcal/mol) sahip olduğu görüldü. Bağlanma enerjileri açısından fitokimyasallar karşılaştırıldığında en yüksekten düşüğe bağlanma enerjileri, epigallokateşin-3-gallat, kuersetin, sinnamaldehit, karvakrol, ve timol için sırasıyla -5.82 kcal/mol, -5.77 kcal/mol, -4.98 kcal/mol, -4.18 kcal/mol, -4.00 kcal/mol idi. In siliko çalışmalardan elde edilen sonuçlar epigallokateşin 3-gallat, kuersetin, sinnamaldehit, karvakrol, timol bitki bileşiklerinin OXA-23 ?-laktamazı için non-kovalent ihbitör adayı olabileceklerini düşündürdü. Bu sonuçlar gelecekte deneysel çalışmalarla desteklenerek OXA-23 ?-laktamazına karşı yeni innibitörlerin keşfedilmesine olanak sağlayabilir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    In vitro and in silico evaluation of some plant extracts and phytocompounds against multidrug-resistant Gram-negative bacteria
    (Springer, 2021) Aydemir, Eda; Sarıyer, Emrah; Akyıldız, Esma; Özad Düzgün, Azer; Camadan, Yasemin; Saral Sarıyer, Ayşegül
    The spread of multidrug-resistant Gram-negative (MDR) bacteria is a global public health problem, as infections caused by MDR Gram-negative bacteria are difcult to treat. New antibiotic agents need to be developed to overcome this problem, and phytochemicals show promise at this point. In this study, methanol extracts were prepared from cinnamon, thyme, nettle, white tea, rosehip, and antibacterial activity of the methanol extracts was studied against two MDR Gram-Negative bacteria (K. pneumoniae and A. baumannii) by broth microdilution method. The MICs of methanol extracts of cinnamon, rosehip, thyme, white tea for A. baumannii were found as 0.015125 g/ml, 0.07825 g/ml, 0.030625 g/ml, 0.00796875 g/ml, respectively. It was found that only cinnamon methanol extract had antibacterial activity in the used extract concentrations against K. pneumoniae and the MIC value was 0.0605 g/ml. The efects of plant methanol extract with antibacterial activity and imipenem combinations were studied in vitro using the checkerboard method. The FIC Indexes were obtained from the checkerboard results and it was observed that the combination of methanol extract and imipenem showed an antagonistic or additive/indiferent efect but not a synergistic efect. We evaluated the binding afnity of epigallocatechin 3-gallate, quercetin, cinnamaldehyde, carvacrol, and thymol phytocompounds using in silico methods, which are well known as a phytocompounds in white tea, cinnamon, thyme, nettle, and rosehip and have antibacterial activities. The results suggested that these phytocompounds should be supported with in vivo and in vitro experiments to investigate their potential for being inhibitor candidates.