Türkiye'de yayılış gösteren Arvicola amphibius'un (Mammalia: Rodentia) Orta Anadolu ve Doğu Anadolu'da yayılış gösteren populasyonlarının nükleer DNA (interphotoreceptor retinoid binding protein, IRBP) varyasyonları
[ X ]
Tarih
2023
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Artvin Çoruh Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada, sucul habitatlarda yaşamaya uyum sağlamış bir kemirgen olan Arvicola amphibius'un Orta ve Doğu Anadolu'da yaşayan populasyonlarının nükleer DNA interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) gen dizilerindeki varyasyonlar belirlenerek populasyonlar arasındaki filogenetik ilişkiler ve genetik farklılıklar araştırıldı. IRBP gen bölgesi için toplam 12 özgün haplotip belirlendi. Neighbour-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML) ve network analizleri ile incelenen populasyonların Orta Anadolu ve Doğu Anadolu olmak üzere iki farklı coğrafik soy grubu oluşturduğu tespit edildi. IRBP gen dizilimi bakımından her iki coğrafik soy grubunu oluşturan populasyonlar arasında genetik farklılaşmanın yüksek düzeyde olduğu, gen akışının da düşük seviyede olduğu tespit edildi. Kimura 2-parametresi temel alınarak hesaplanan genetik uzaklık değeri, alttür ya da tür düzeyindeki genetik farklılaşmadan ziyade, soy grupları arasında tür içi varyasyon düzeyinde bir genetik farklılaşmanın olduğunu gösterdi. İki farklı coğrafik soy grubunun oluşmasındaki en önemli unsurun, soy grupları arasındaki gen akışını engelleyen Anadolu Diyagonali'ni oluşturan sıradağların olabileceği düşünülmektedir.
In this study, phylogenetic relationships and genetic differences between populations were investigated by determining the variations in nuclear DNA interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) gene sequences of Arvicola amphibius, a rodent adapted to living in aquatic habitats, living in Central and Eastern Anatolia. A total of 12 specific haplotypes were determined for the IRBP gene region. It was determined that the populations examined by Neighbour-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML) and network analyses formed two different geographical lineages, namely Central Anatolia and East Anatolia. In terms of IRBP gene sequencing, it was determined that the genetic differentiation was at a high level and the gene flow was at a low level between the populations constituting both geographical lineage groups. The genetic distance value calculated according to the Kimura 2-parameter indicated that there was genetic variation at the intraspecific level of variation among lineages rather than at the subspecies or species level. It is believed that the most significant agent in the formation of two different geographical lineage groups may be the mountain ranges forming the Anatolian Diagonal, which prevents gene flow between lineage groups.
In this study, phylogenetic relationships and genetic differences between populations were investigated by determining the variations in nuclear DNA interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) gene sequences of Arvicola amphibius, a rodent adapted to living in aquatic habitats, living in Central and Eastern Anatolia. A total of 12 specific haplotypes were determined for the IRBP gene region. It was determined that the populations examined by Neighbour-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML) and network analyses formed two different geographical lineages, namely Central Anatolia and East Anatolia. In terms of IRBP gene sequencing, it was determined that the genetic differentiation was at a high level and the gene flow was at a low level between the populations constituting both geographical lineage groups. The genetic distance value calculated according to the Kimura 2-parameter indicated that there was genetic variation at the intraspecific level of variation among lineages rather than at the subspecies or species level. It is believed that the most significant agent in the formation of two different geographical lineage groups may be the mountain ranges forming the Anatolian Diagonal, which prevents gene flow between lineage groups.
Açıklama
Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı
Anahtar Kelimeler
Zooloji, Zoology
