Türkiye'deki bazı etçil memeli türlerinin (Mammalia: Carnivora) DNA barkodlaması
[ X ]
Tarih
2024
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Artvin Çoruh Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu tez çalışması kapsamında, Türkiye'de yaşayan bozayı (Ursus arctos), altın çakal (Canis aureus) ve kaya sansarı (Martes foina) olarak bilinen üç farklı karnivor memeli türünün DNA barkod bölgesi olarak bilinen mitokondriyal DNA'da bulunan sitokrom oksidaz c alt ünite I geni (COI) dizilendi. Elde edilen DNA dizileri, NCBI (National Center for Biotechnology Information) veritabanındaki BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) seçeneği kullanılarak, veritabanında mevcut olan diğer türlere ait diziler ile benzerlik bakımından (PI, pairwise identity, ikili benzerlik) karşılaştırıldı. Bunun yanı sıra, COI gen dizileri, Neighbour-Joining ve haplotip örgüsü olmak üzere, iki farklı filogenetik analiz yöntemine tabi tutuldu. BLAST sorgusu ve filogenetik analizler sonucunda, çalışılan türlere ait barkodlama bölgelerinin bu türler için taksonomik çalışmalarda karşılaşılan sorunların çözümü için faydalanılabilecek bir moleküler belirteç olabileceği kanısına varıldı.
Within the scope of this study, the cytochrome oxidase c subunit I gene region (COI) of mitochondrial DNA, known as the DNA barcode region, of three different carnivorous mammal species living in Turkey, known as the brown bear (Ursus arctos), the golden jackal (Canis aureus) and the rock marten (Martes foina), was sequenced. The obtained DNA sequences were compared in terms of similarity (PI, pairwise identity, pairwise similarity) with the sequences of other species available in the database using the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) option in the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database. In addition, COI gene sequences were subjected to two different phylogenetic analysis methods: Neighbour-Joining and haplotype network. As a result of BLAST query and phylogenetic analyses, it was concluded that the barcoding regions of the studied species could be a molecular marker that can be used to clear the problems encountered in taxonomic studies for these species.
Within the scope of this study, the cytochrome oxidase c subunit I gene region (COI) of mitochondrial DNA, known as the DNA barcode region, of three different carnivorous mammal species living in Turkey, known as the brown bear (Ursus arctos), the golden jackal (Canis aureus) and the rock marten (Martes foina), was sequenced. The obtained DNA sequences were compared in terms of similarity (PI, pairwise identity, pairwise similarity) with the sequences of other species available in the database using the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) option in the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database. In addition, COI gene sequences were subjected to two different phylogenetic analysis methods: Neighbour-Joining and haplotype network. As a result of BLAST query and phylogenetic analyses, it was concluded that the barcoding regions of the studied species could be a molecular marker that can be used to clear the problems encountered in taxonomic studies for these species.
Açıklama
Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı
Anahtar Kelimeler
Biyoloji, Biology
